W nocy z 2 na 3 marca 2008 roku w krypcie kościoła kapucynów w San Giovanni Rotondo otwarto - po raz pierwszy od 40 lat - grobowiec Ojca Pio. Ciało Świętego, złożone w tym miejscu 26 września 1968 roku, w cztery dni po śmierci, zostało wydobyte z trumny i przeniesione do specjalnego pomieszczenia obok krypty, gdzie poddane zostało dokładnym badaniom i konserwacji.

  Ekshumacja dokonana została w tajemnicy i wcześniej, niż ją pierwotnie planowano. Prawdopodobnie przyczyniły się do tego protesty niewielkiej, ale hałaśliwej grupy czcicieli Ojca Pio z Turynu, którzy złożyli w prokuraturze wniosek o zabezpieczenie krypty, aby nie doszło do - jak to nazwali - „przestępstwa profanacji relikwii”.

  W ekshumacji ciała Stygmatyka uczestniczył bp Domenico d’Ambrosio, ordynariusz diecezji Manfredonia-San Giovanni Rotondo-Vieste, przedstawiciele zakonu kapucynów, rodzina Ojca Pio (ośmioro potomków Michele i Felicyty Forgione, czyli brata i siostry Świętego) oraz personel medyczny i techniczny. Pomimo przysięgi złożonej przez pracowników sanktuarium o zachowaniu w tajemnicy faktu ekshumacji, wiadomość o pracach przedostała się na zewnątrz i wokół sanktuarium zgromadziła się grupa około dwustu wiernych, którzy od wieczora oczekiwali na zakończenie tego etapu prac i jakiekolwiek informacje na temat ich przebiegu. Około pierwszej w nocy biskup d’Ambrosio przekazał oficjalny komunikat o stanie relikwii.   Według niego ciało zachowało się dobrze, górna część czaszki jest „w stanie szkieletowym”, natomiast dolna - a więc policzki i broda - „zachowały się doskonale”. Reszta ciała „jest w dobrym stanie”, widać dobrze łokcie, dłonie w rękawiczkach, paznokcie. Na dłoniach nie widać stygmatów, które zniknęły w ostatnich dniach życia Świętego.

  Krypta grobu Świętego była zamknięta dla zwiedzających do 24 kwietnia, kiedy to relikwie wystawione zostały do publicznej adoracji w oszklonym sarkofagu. Uroczystej koncelebrze w tym dniu, w której wzięło udział 26 biskupów, przewodniczył kardynał Josè Saraiva Martins, prefekt Kongregacji do Spraw Świętych. W homilii przypomniał tajemnicę świętości Stygmatyka i wezwał zgromadzonych wiernych do głębokiej refleksji nad tematem śmierci i ludzkiego cierpienia. „Przyliżmy się, by lepiej poznać Świętego Ojca Pio, który już stał się świętym ludu, a teraz będzie jeszcze przystępniejszy przez nowe ukazanie jego ciała ” – zachęcał prefekt Kongregacji do Spraw Świętych. „To, co widzimy, to martwe ciało, już więcej nie poruszane oddechem życia. Ale Ojciec Pio to nie tylko jego martwe ciało. Prawdziwie żył on w pełnej jedności z Jezusem Ukrzyżowanym, a teraz żyje w ostatecznej komunii z Jezusem Zmartwychwstałym. Spoglądając na jego doczesne szczątki, wspominamy ogrom dobra, którego on dokonał wśród nas.” – podkreślał kardynał.

  Po Mszy Świętej koncelebransi i zgromadzeni pielgrzymi, w uroczystej procesji, przy śpiewie litanii do wszystkich świętych, po raz pierwszy udali się krypty, tej samej, w której od lat znajdował się grób Ojca Pio, by wreszcie ujrzeć i oddać cześć ciału Świętego.